1629-ben a lilienfeldi kolostor apátja kap megbízást, hogy készítse elő a rend Magyarországra való visszatérését. I. Lipót 1660-ban Újfalusy Márton szerzetest nevezi ki zirci apáttá, aki Pápán telepedett le, mivel ekkor Zircen nem volt lakható épület. A török kiűzése után több mint egy évszázad telt el, míg ismét megtelepedtek az első szerzetesek Zircen (1726).  A 18. század közepén fölépült az új templom és a kolostor. A középkori épületeket teljesen elbontották, alig néhány csonk maradt belőlük. 1810-ben a zirci apátság önállóvá vált. Ettől kezdve Zirc a magyarországi ciszterci rend központja. A ciszterciek egyre nagyobb szerepet vállaltak az oktatásban. A zirciek vállalták a székesfehérvári és a pécsi gimnázium fenntartását (1814). A 20. század elején már a bajai és a budai ciszter gimnáziumok is megnyíltak. 1950-ben a zirci kolostort is megszüntették, a szerzeteseket elűzték, csak 1990-ben térhettek vissza. Az öt államosított gimnázium közül azóta már négyben ismét ciszterciek tanítanak.